小麦全蚀病的病菌要来源于残存在土壤里的带菌根茬以及稠浊有病根、病茎、病叶鞘等残体的粪肥、种子三种途径。因此，操控病害有必要做到维护无病区，封闭零散病区，压低老病区病况;量体裁衣，实行轮作倒茬，增施有机肥、磷钾肥，选用耐病丰登品种，深翻倒土;辅助于药剂拌种是防病的重要措施。
1 轮作倒茬
全蚀病随寄主作物复种指数和轮作次数的添加逐年加剧，而与非寄主作物(如蔬菜、棉花、葱蒜等)轮作1~2年的麦田，病况显着减轻。选用沉痾田大轮作，轻病田小换茬。详细是沉痾田栽培小麦1年以上，改种蔬菜、棉花、油菜等作物;轻病田小麦收成后，复种花生、大豆、葱、白菜、萝卜等非寄主作物。
2 坚持五改
2.1 改低茬收割为高茬收割 全蚀病病菌侵染部位仅限于小麦根部和茎基部15cm以下。高茬收割可有用操控种子间残体带菌。收割后及时铲除田间麦茬，集中处理;
2.2 改常温沤肥为高温发酵灭菌沤肥 因为常温沤肥不能使病菌逝世，将很多病菌带入田间，扩展发病面积。而经高温发酵灭菌处理后的粪肥，病菌存活率为0。高温发酵灭菌办法：在“大暑”前后，把麦糠与水拌均，堆在平地上，堆高2~3m，长宽不限，外表加盖塑料薄膜，经1~2天，堆温可达50℃以上，发酵3天后即可拆垛用于基肥，扒垛时，将附近及堆底半尺厚发酵温度缺乏40℃的麦糠扒开，从头堆积发酵。
2.3 改自留种为购良种 麦田病麦与无病麦混合收割脱粒时，种子间夹藏很多病体残屑。而规范种子出产部门出产的良种，经严厉精选，无杂质，杜绝了病菌传达。
2.4 改浅耕为深翻 实践证明，深翻50~60cm可使小麦全蚀病白穗率降低80%以上，深翻后，需增施有机肥提高土壤肥力。
2.5 改单一上肥为配方上肥 合理搭配肥料，培肥地力，促进小麦健壮成长也是防治该病的一项重要措施。
3 增施有机净化肥
麦田禁止施用未经高温处理土粪、麦糠、秸秆等，避免病菌随土粪分散。
4 药剂处理
4.1 土壤处理 播前可运用70%甲基托布津每亩2~3kg加细土20~30kg均匀施入耕种行间处理土壤。
4.2 药剂拌种 可选用3%敌萎丹400~600ml拌种子100kg或2.5%适乐时200m1拌种子100kg有较好防效。
4.3 灌根 小麦返青期，施用蚀敌或消蚀灵每667m2 100~1500ml对水150kg灌根。
